Inverse Docking dan Identifikasi Protein Target Metabolik Sekunder Senna siamea terhadap Propionibacterium acnes

Neila Putri Shofiyana, Achmad Nurul Yaqin

Abstract

Tanaman johar (Senna siamea) diketahui memiliki aktivitas antibakteri dan telah banyak dimanfaatkan sebagai obat tradisional khususnya daunnya. Aktivitas antibakteri ekstrak daun johar telah banyak dilaporkan mampu menghambat pertumbuhan baik bakteri Gram positif dan Gram negatif. Dibandingkan bakteri lain, Konsentrasi Hambat Minimum (MIC) ekstrak daun johar terhadap Propionibacterium acnes dilaporkan jauh lebih rendah. Namun, mekanisme antibakteri dan protein reseptor targetnya belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan protein target utama dan senyawa aktif dalam S. siamea untuk memahami mekanisme antibakterinya. Metode yang digunakan adalah molekuler docking senyawa yang dilaporkan pada ekstrak S. siamea pada beberapa protein bakteri P. acnes menggunakan Swissdock. Hasil dengan konformasi paling stabil dianalisis lebih lanjut dengan metode Density Functional Theory (DFT) menggunakan Gaussian 09 pada level teori HF/3-21G dan semiempirik PM6 dilanjutkan dengan analisis Interaksi Non-Kovalen (NCI) menggunakan Multiwfn. Kesimpulan dari penelitian ini adalah lipase pembentuk biofilm adalah protein target dari senyawa polar dalam daun S. siamea terutama siamosida A.

Keywords

Inverse docking, Propionibacterium acnes, Senna siamea

Full Text:

PDF

References

Achermann Y, Goldstein EJC, Coenye T and Shirtliff ME (2014). Propionibacterium Acnes: From Commensal to Opportunistic Biofilm-Associated Implant Pathogen. Clinical microbiology reviews, 27(3), pp.: 419–440. doi: 10.1128/CMR.00092-13.

Alshehri MM, Quispe C, Herrera-Bravo J, Sharifi-Rad J, Tutuncu S, Aydar EF, Topkaya C, Mertdinc Z, et al. (2022). A Review of Recent Studies on the Antioxidant and Anti-Infectious Properties of Senna Plants. Oxidative Medicine and Cellular Longevity, 2022. doi: 10.1155/2022/6025900.

Asiyah IJA and Turahman T (2021). Aktivitas Antibakteri Ekstrak Etanol Daun Johar (Cassia Siamea Lamk.) Terhadap Salmonella Typhi ATCC 13311. Jurnal Farmasi & Sains Indonesia, 4(1), pp.: 13–20.

Chedjou IN, Ngouafong FT, Tchuenguem RT, Dzoyem JP, Ponou BK, Teponno RB, Barboni L and Tapondjou LA (2023). Siamoside A: A New C-Glycosylated Flavone from Senna Siamea (Lam.) H. S. Irwin & Barneby (Caesalpiniaceae). Natural Product Research, 37(20), pp.: 3461–3469. doi: 10.1080/14786419.2022.2085699.

Crisdian HA (2021). Aktivitas Antibakteri Kombinasi Ekstrak Etanol Daun Johar (Cassia Siamea Lamk.) Dan Daun Alpukat (Persea Americana Mill.) Terhadap Salmonella Typhi. Jurnal Farmasi Indonesia, 18(2), pp.: 133–140.

Djumidar, Razak AR, Ridhay A, Sumarni NK, Syamsuddin, Jusman, Nurhaeni and Rahim EA (2022). Aktivitas Antibakteri Ekstrak Kulit Batang Tumbuhan Johar (Senna Siamea Lam) Pada Berbagai Polaritas Pelarut. KOVALEN: Jurnal Riset Kimia, 8(2), pp.: 184–195. doi: 10.22487/kovalen.2022.v8.i2.15970.

Heri A (2020). Studi Literaturefek Farmakologi Ekstrak Daunjohar (Cassia Siamea Lamk). Universitas_Muhammadiyah_Mataram.

Leyana M, Suprastyani H and Andayani S (2021). Uji Daya Hambat Ekstrak Kasar Daun Johar (Cassia Siamea L.) Terhadap Bakteri Pseudomonas Aeruginosa. JFMR (Journal of Fisheries and Marine Research), 5(1), pp.: 8–14.

Negi A, Bhandari N, Shyamlal BRK and Chaudhary S (2018). Inverse Docking Based Screening and Identification of Protein Targets for Cassiarin Alkaloids against Plasmodium Falciparum. Saudi pharmaceutical journal : SPJ : the official publication of the Saudi Pharmaceutical Society, 26(4), pp.: 546–567. doi: 10.1016/j.jsps.2018.01.017.

Nuankaew W, Heemman A, Wattanapiromsakul C, Shim JH, Kim NW, Yasmin T, Jeong SY, Nam YH, et al. (2021). Anti-Insulin Resistance Effect of Constituents from Senna Siamea on Zebrafish Model, Its Molecular Docking, and Structure-Activity Relationships. Journal of natural medicines, 75(3), pp.: 520–531. doi: 10.1007/s11418-021-01490-5.

Oladeji OS, Adelowo FE and Oluyori AP (2021). The Genus Senna (Fabaceae): A Review on Its Traditional Uses, Botany, Phytochemistry, Pharmacology and Toxicology. South African Journal of Botany, 138, pp.: 1–32. doi: https://doi.org/10.1016/j.sajb.2020.11.017.

Phaiphan A, Baharin BS, Tan CP, Rahman RA and Ganesan P (2014). Antioxidant and Antibacterial Activities of Different Solvent Extractions from Cassia Siamea (Lamk.) Leaves. Journal of Chemical and Pharmaceutical Research, 6(4), pp.: 655–662.

Platsidaki E and Dessinioti C (2018). Recent Advances in Understanding Propionibacterium Acnes (Cutibacterium Acnes) in Acne [Version 1; Referees: 2 Approved]. F1000Research, 7(0). doi: 10.12688/f1000research.15659.1.

Rahmasuha S, Lukitasari M, Fauziyah, Jadid N, Ramadhan R and Hidayati D (2022). Virtual Screening of Alpha Glucosidase Inhibition Using Common-Urban Herbs in Indonesia. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 977(1), pp.: 12089. doi: 10.1088/1755-1315/977/1/012089.

Sutjaritjai N, Panyadee P, Phumthum M, Inta A and Balslev H (2022). High Diversity of Medicinal Uses of Thai Legumes (Fabaceae) and Their Potential in Public Herbal Medicine. Diversity, 14(8), pp.: 1–23. doi: 10.3390/d14080588.

Usman NA, Adeshina GO, Tytler BA and Abdulrahim U (2020). Biofilm-Inhibition Activities of Fractions of Senna Siamea (LAM) Irwin Barneby Leaf against Escherichia Coli. African Journal of Microbiology Research, 14(2), pp.: 77–84. doi: 10.5897/ajmr2019.9250.

Wei M ping, Yu H, Guo Y hui, Cheng Y liang, Xie Y fei and Yao W rong (2022). Synergistic Combination of Sapindoside A and B: A Novel Antibiofilm Agent against Cutibacterium Acnes. Microbiological Research, 254(July 2021), pp.: 126912. doi: 10.1016/j.micres.2021.126912

Refbacks

  • There are currently no refbacks.