OPTIMASI KONDISI PCR UNTUK ANALISIS VARIASI GENETIK MIKROSATELIT VARIAN JATI ARBORETUM DENGAN MENGGUNAKAN PEWARNAAN PERAK

Abstract

ABSTRAK

Jati merupakan  salah satu spesies perkebunan yang menjanjikan di daerah tropis, maka perakitan calon tanaman jati unggul diperlukan. Untuk itu dilakukan penelitian dengan  tujuann menganalisis variasi genetik varian jati arboretum dengan penanda mikrosatelit. Sebelum melakukan analisis variasi genetik, terlebih dahulu dilakukan Optimasi kondisi PCR untuk berlangsungnya proses amplifikasi DNA sampel. PCR peka terhadap sejumlah parameter meliputi: magnesium klorida, DNA templat, konsentrasi primer, dan suhu annealing selama amplifikasi. Kondisi reaksi dioptimalkan sebelum amplifikasi guna menghindari produk amplifikasi tidak spesifik seperti ukuran pita DNA yang  heterogen. Di samping itu penggunaan pewarnaan perak juga perlu diperhatikan meliputi, komponen-komponen larutan yang digunakan, tahapan-tahapan pewarnaannya harus benar-benar dilakukan sesuai petunjuk dan butuh keterampilan serta kehatia-hatian. Hal ini dilakukan untuk memperoleh pola pita DNA yang baik sehingga memudahkan analisis selanjutnya dalam hal ini variasi genetik.

Kata Kunci: Varian Jati Arboretum, Optimasi, PCR , Mikrosatelit, Pewarnaan Perak