ANALISIS KERAGAMAN DNA TANAMAN DURIAN SUKUN (Durio zibethinus Murr.) BERDASARKAN PENANDA RAPD

Abstract

ABSTRAK
Durian (Durio zibenthinus Murr.) merupakan buah-buahan tropis dari Asia
Tenggara. Beberapa genotipe durian lokal telah dilepas menjadi varietas unggul,
yaitu durian sukun, sunan, kani, monthong dan petruk, namun sampai saat ini
belum diketahui keragaman DNA. Alternatif untuk mengkaji keragaman DNA
durian adalah dengan menggunakan penanda RAPD. Tujuan penelitian adalah
mengkaji keragaman DNA pada varietas durian sukun, sunan, kani, monthong,
dan petruk serta mengkaji keragaman DNA durian sukun yang ditanam pada
wilayah yang berbeda berdasarkan penanda RAPD.
Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Penelitian
Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan di Yogyakarta mulai bulan
November 2008 sampai bulan Januari 2009. Bahan penelitian analisis keragaman
DNA antar varietas durian adalah daun tanaman durian sukun, sunan, kani,
monthong dan petruk yang ada di kebun benih Ranukitri Karanganyar. Bahan
penelitian analisis keragaman DNA durian sukun pada wilayah penanaman
berbeda adalah daun tanaman durian sukun dari Gempolan Karanganyar, durian
sukun dari Kebun Benih Ranukitri Karanganyar, durian sukun dari Jepara dan
durian sukun dari Salatiga. Selanjutnya dilakakukan analisis DNA terhadap
sampel daun yang diawali dengan isolasi DNA, uji kuantitas dan kualitas DNA,
seleksi primer, dan amplifikasi dengan PCR. Visualisasi hasil PCR dilakukan
dengan elektroforesis menggunakan etidium bromide yang menghasilkan pita
DNA. Pita DNA selanjutnya dianalisis dengan program NTSYS untuk
mendapatkan keragaman DNA antar varietas durian dan keragaman DNA durian
sukun pada wilayah penanaman berbeda.
Seleksi primer menghasilkan 6 primer polimorfik yang digunakan, yaitu
primer OPA-01, OPA-02, OPA-07, OPA-16, OPA-18 dan OPA-19. Pola pita
DNA hasil amplifikasi menunjukkan adanya keragaman antar varietas durian
sukun, sunan, kani, monthong dan petruk serta menunjukkan keragaman durian
sukun yang ditanam di wilayah yang berbeda. Dendrogram pengelompokkan pada
lima varietas durian cenderung memisah, yaitu durian sukun, sunan, monthong
dan petruk merupakan satu kelompok yang memisah dengan durian kani.
Dendrogram pengelompokkan durian sukun yang ditanam pada wilayah berbeda
menghasilkan dua kelompok, yaitu kelompok I terdiri dari durian sukun dari
Gempolan Karanganyar dan durian sukun dari Salatiga. Kelompok II terdiri dari
durian sukun dari Kebun Benih Ranukitri Karanganyar dan durian sukun dari
Jepara.
Kata kunci : Analisis keragaman, DNA, Durio zibethinus Murr, RAPD