Visualisasi Interaksi Ligan Ibuprofen terhadap Protein Cyclooxygenase secara Komputasi

Nurhayati Awik, A Rihandoko, M Santoso, E Setiawan

Abstract

Enzim Cyclooxygenase-2 (COX-2) bertanggung jawab terhadap proses inflamasi dan rasa nyeri. Pemberian senyawa Ibuprofen (IBP) dapat berperan sebagai inhibitor cyclooxygenase-2 yang menghambat aktifitas enzim COX-2 dalam mensintesis prostaglandin yang merespon rasa nyeri dan proses inflamasi. Tujuan dalam penelitian ini untuk mengetahui interaksi antara ibuprofen dengan protein Cyclooxygenases secara komputasi. Metode yang digunakan dalam penelian ini molecular dinamyc simulation (MD) untuk membuat reaksi kimia secara virtual. Hasil RMSD kompleks IBP dengan COX-2 adalah ~0,76 hingga ~2,37Å, Hasil RMSF menunjukkan COX-2 tingkat fleksibilitas yang tinggi. Jumlah ikatan Hidrogen intramolekuler berkisar 0 hingga 2 dan ikatan hidrogen intermolecular berada pada ARG12@O2, ARG12@O1, ARG438@O1. Interaksi antara Ibuprofen dengan Cyclooxygenase-2 menunjukkan terbentuknya ikatan Hidrogen dan membentuk kompleks protein.

Keywords

Cyclooxygenase, Ibuprofen, MD

Full Text:

PDF

References

Amanpreet S. (2008). Clinical Study of Headache in Relation to Sinusitis and Its Management. Rajiv Gandhi University of Health Sciences Karnataka Bangalore

Amber, C. (2016). Amber 2016 Reference Manual.

Appignanesi, A. (2016). Hydrogen Bond Dynamic Propensity Studies for Protein Binding and Drug Design, 1–12. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0165767

Bolwell, G. P. (2001). Biochemistry & Molecular Biology of Plants. Phytochemistry. https://doi.org/10.1016/S0031-9422(01)00095-4

Kovács, B., & Péter, P. (2016). Computing RMSD and fitting protein structures : how I do it and how others do it.

Orlando, B. J., Lucido, M. J., & Malkowski, M. G. (2015). The structure of ibuprofen bound to cyclooxygenase-2. Journal of Structural Biology, 189(1), 62–66. https://doi.org/10.1016/j.jsb.2014.11.005

V Sanghani, H., H Ganatra, S., & Pande, R. (2012). Molecular – Docking Studies of Potent Anticancer Agent. Journal of Computer Science & Systems Biology, 05(01), 12–15. https://doi.org/10.4172/jcsb.1000085

Refbacks

  • There are currently no refbacks.